リファレンス配列のお話(GRCh38-hg38-b37-hg19)

今回はリファレンス配列についてご紹介。 リファレンス配列というのは、既知の配列のことを指します。 リシーケンシング解析では、このリファレンス配列と個々の生物のゲノム配列を比較することで、置換、逆位、欠失/挿入などのわずかな配列の違いを明らか…

Juliaでpermutation

本日のお題。 与えられた配列の全permutationを取得する方法について、pythonとjuliaで書いてみる。 1から書いてもいいのですが、実用性を考えてパッケージを使用した方法をご紹介。 Python編 itertoolsパッケージのproduct関数を使用します。 引数にはitera…

(勉強会用メモ) REST APIs with Django : Chapter 2-3

勉強会 ちょっと業務でRESTfulなAPIを作成する必要が出てきました。 3/27 (水) に再度勉強会開くのでぜひ。 connpass.com 3/14の内容復習編。 Djangoプロジェクトの作成 Python環境にはpipenvを使用します。 # 仮想環境の作成(python 3.6) $ pipenv instal…

(勉強会用メモ) REST APIs with Django : Chapter 1

勉強会 ちょっと業務でRESTfulなAPIを作成する必要が出てきました。 3/14 (水) にこの本使って勉強会開くのでぜひ。 そのための予習メモ。 connpass.com WWW (World Wide Web) 1960年代に登場したが、初期は孤立したネットワークとして存在した(軍事、科学…

Seurat v3.0って何がすごいのか

まだプレリリース版のSeruat v3.0ですが、 10Xのサイトで以下のように言及されたことにより、こちらを使用する人が増えている気がします。 Seurat 3.0 is specifically designed to handle the type of multi-data experiments enabled by Feature Barcoding…

Ansibleもくもく会 (サーバ編)に参加してきたお話

最近ブログが滞ってきていて。 Ansibleが触りたくなってきていて。 ブログ枠が空いていたAnsibleもくもく会 (サーバ編)に参加してきました! ansible-users.connpass.com Ansibleもくもく会とは Ansible 及び Ansible Towerに関してもくもく勉強をしていく…

WSLでnode.jsの環境構築

github.com apt-getで入手できるnode.jsはバージョンがかなり古い。 複数のバージョン管理が可能かつ最新版のnode.jsもインストール可能なnodebrewを使用すると、いろいろ楽ができるという話。 WSLと書いてはいるけれど、WSLに限った話ではないです。 前準備…