Lineage makerとは 一般にLinと略語で書かれることが多く，既知の成熟免疫系細胞で発現している抗原の総称．CD3（T細胞），CD19（B細胞），NK1.1（NK細胞），CD11c（樹状細胞），CD11b（単球），FcεRI（マスト細胞），Gr-1（顆粒球）などが使われることが多…
Purpose scRNA-seq解析について知見を深める Title Identifying cell populations with scRNASeq Author Tallulah S.Andrews, Martin Hemberg Motivation これまでは、分子特性ではなく形態学に基づいた200種類程度までのセルタイプの判定を行っていた。 前…
www.ncbi.nlm.nih.gov Purpose 個別化医療に向け、変異のpathogenicity (悪性) に関する関心は高まっている。 Deep Learningを使用したアプローチにより変異のpathogenicityをどこまで判断することができるのか把握する。 Title DANN: a deep learning appro…
今回読むのはGoogleのDeepVariantに関する論文。 Googleのhealthcareに対する取り組みとして、Google AI Blogでも紹介されており、Verily Life Sciencesと共同でのGoogle Brainチームによる2年以上の研究の成果となる。 Purpose 配列データにDeep learningを…
Intro 時は令和。 kimotonはもっと論文を読みたいと思った。 読みたいなら読めばいいじゃないかといわれそうだが、違う。習慣化してかつ効率良くちゃんと理解して読みたいのだ。 そして構成をブログの構成をIntro、Main、Conclusionの3段構成にすることにし…
GW始まってしまいましたね。 ブログの更新をだいぶ怠っていたので、ちゃっかり更新させて頂きます。 今日はPythonでscRNA-seq解析。Python実装のscRNA解析ツールといえばScanpyがまず思いつきます。 Seuratに比べてそこまで使われていない印象ですが、機能的…
以前の記事でリファレンス配列についてだらだらと書かせて頂きました。 www.kimoton.com 手持ちのデータは最新のhg19でマッピングされているけれど論文の情報はhg38でのマッピングが行われている場合など、異なるアセンブリのデータを取得したい場合、本来は…
