RDBとNoSQLのアノテーションDBとしての評価

かの有名なDB、gnomADでは、MongoDBが使われているそうです。 UIのレスポンスも早く、かっちょいいですね。変異アノテーションデータを格納するDBとしてRDBとNoSQLを比較検討してみた論文があったので要約してみました。 Purpose 変異アノテーション情報を…

2019-12-20

Snakemakeを試す - ④ まとめ

bioinformatics OSS Python

はじめに ※本記事はバイオインフォマティクス Advent Calendar 2019の20日目の記事です。 Snakemakeのインストールと概要 → Snakemakeを試す - ① インストールと概要 - ばいばいバイオチュートリアルの実行 → Snakemakeを試す - ② チュートリアルを実行 - …

2019-12-12

Snakemakeを試す - ③ 並列化

OSS bioinformatics Python

前回の続き！今回は並列化について見ていきます。前回の例を使って、並列化した場合としてない場合とでどの程度変わるのか実験してみましょう。 ※コマンド実行ログが少々長めです。すっ飛ばしてサクッと読んでください。 Snakemakeにおけるthreadsの意味 …

2019-12-07

Snakemakeを試す - ② チュートリアルを実行

OSS bioinformatics Python

明日やろうは馬鹿野郎。前回の続き。では準備もできたということで、やっていきしょうshort tutrial このチュートリアルは、ざっくりと決められたワークフローを組んでいくことでSnakemakeと仲良くなろうという趣旨のものです。内容はバイオインフォマテ…

2019-12-05

Snakemakeを試す - ① インストールと概要

OSS bioinformatics Python

2020/6/6 Syntax highlightを追記お疲れ様です。ここのところバイオインフォに触れられず何か物足りないkimotonです。最近はMLOps周りの基盤作りに関わっています。ナンデダロ。 Snakemakeってなにー？？ githubリポジトリは下記。 The Snakemake workfl…

2019-10-20