2群以上のデータを比較する際に、最も簡単な方法として2つの生存関数を同じ軸の上にプロットすることが挙げられます。 from matplotlib import pyplot as plt from lifelines.datasets import load_dd from lifelines import KaplanMeierFitter data = load_…

前回の記事では様々な定義による生存関数を見ていきました。 今回はそんな生存関数について、重要な統計量である標準偏差を算出する方法について学んでいきます。 標準誤差を推定することで信頼区間を形成したり、種々の仮説検定に用いることができます。 前…

前回は生存関数とハザード関数の関係性について紹介しました。 www.kimoton.com 生存関数の推定には、確率分布を仮定しない（ノンパラメトリックな）推定法を用います。 これらについて定義を見直し、lifelinesを使ってカプラン・マイヤー推定量を算出・プロ…

生存時間解析とは 生存時間解析とは、明確な地点から特定のイベントもしくはエンドポイントまでの時系列データ（Time to event型のデータ）に対する解析を示す用語です。 応答変数に関しては文字通りの生存時間のみならず、心理学実験における課題完了までの…

ご無沙汰しております。kimotonです。 最近、前の会社の先輩と「ゼロから始めるゲノム解析」という勉強会を始めました。 bioalgorithms.connpass.com なんとなくツイートしたこのツイートがプチバズったことがきっかけです。 Rでバイオインフォの勉強したい…

NCBI Entrezは、30以上もの生物学的な目的で作成されたデータベースに対する統合的なテキストベースの検索、情報抽出システムです。 このシステムは、国立バイオテクノロジー情報センター（NCBI）によって作成されています。 APIはE-utilitiesと呼ばれ、これ…

最近は専ら最尤推定と格闘しています。最尤推定において、必要なのが尤度関数の最大化。 なんとなく収束する手法を選択して目をを向けてきたものの、そろそろちゃんと理解する必要性を感じたため第一弾として、Nelder-Mead法を理解していこうと思います。 因…