GATKやSAMtoolsなどの変異解析ツールを実行した際に、含まれていた一塩基変異（SNP）、挿入（Insert）、欠失（Deletion）等の情報はVCFファイルというフォーマットで出力されます。 VCFファイルのフォーマットに関しては、GATKの説明ページを参照してくださ…

インストール手順は大抵conda かpipで可能なので、これらをいちいち紹介しても仕方ない気がしてきました。今回からインストール部分は省いてご紹介します。 前回の記事ではアライメント情報を格納するためのフォーマット、BAM/SAMファイルをご紹介しました。…

通常シーケンサからの配列データ（FASTQファイルなど）を取得した後、アライメントツールを使用してリファレンスゲノムに対して各リード配列をマッピングすることになります。そんなアライメントしたリードの情報を格納するためのデータフォーマットが、本日…

生存時間分析シリーズが立て続いておりましたが、今回は久しぶりにバイオインフォマティクス関連の記事になります。 以前の記事でも紹介したBiopythonを用いて、簡単なデータの可視化を行ってみます。 www.kimoton.com Biopythonのインストール Biopythonの…

先日から隔週で勉強会を開催しています。 bioalgorithms.connpass.com 前回使用した資料は下記で公開しているので是非参考にしてみてください。 第二章のR基礎までは基礎的な内容がほとんどであったため、問題なく理解できた方が多いかと思いますが、 前回の…

下記の定義で与えられるハザード関数（単にハザードともいう）は、各時点における瞬間的な死亡のリスクや危険度を表すために使われます。 $$ h(t)=\lim_{\delta t \to 0}\frac{P(t\leq T

かなり前の記事ですが、この記事で紹介したように、これまでターミナルにはHyper.jsを使っていました。 www.kimoton.com Hyper.jsは気に入っていたのですが、electron製なこともあってか若干動作が不安定なところが玉に瑕でした。 hyper.jsよく固まるんだけ…