Rosalindを解く - DNAからRNAへの転写

Rosalindの紹介はこちらから。 本日は基礎中の基礎第2弾、DNA配列をRNA配列に転写するコードを書いていきたいと思います。 生物学的知識のおさらい 参考:リボ核酸 - Wikipedia 前回のおさらいでは、DNAは、アデニン(A)、シトシン(C)、グアニン(G)、お…

Rosalindを解く - DNA塩基数のカウント

Rosalindの紹介はこちらから。 本日は基礎中の基礎、DNA塩基数を数えるコードを書いていきたいと思います。 rosalind.info 生物学的知識のおさらい 参考:クロマチン - Wikipedia すべての生物を構成する細胞は、生命の構成要素であると考えられています。 …

60以上の言語が使用可能なブラウザ実行型IDE - Repl.it

IDE

ブラウザ実行型の環境、便利ですよね。 フロントエンドに特化したものだとCodePenなんかが有名ですが、 その他の言語でも同様にブラウザ実行できる実行環境があると教育用や共有の際に便利かと思います。 今回紹介するRepl.itは、リアルタイム編集機能が付い…

Matplotlibで日本語を使用する方法

日本語表示できない問題 Matplotlibでは、日本語を扱えるフォントが指定されていない場合に日本語を含んだプロットを出力すると、文字化け(◻︎)が表示されてしまいます。 plt.figure() plt.title("てすと") 日本語フォントをダウンロード 日本語を表示する…

バイオインフォマティクスの競技プログラミング!? Rosalindの紹介

以前の記事ではざっくり無料で学べるバイオインフォマティクス関連コンテンツに関してご紹介しました。 www.kimoton.com その中でも特にオススメなのが今回紹介するRosalindです。 競技プログラミング!?と書きましたが、形式が競プロ(課題を解き答えをsub…

Galaxy - GUIベースのワークフローシステム

Galaxyとは Galaxyは、プログラミングに長けていないユーザーでもバイオインフォマティクス解析のパイプラインを構築できるように作られたOSS(Academic Free License)です。世界中のユーザーから構成されるコミュニティによって維持されており、ヘルプペー…

Courseraを無料で受ける手順を紹介(修了証なし)

先日Courseraを紹介しましたが、courseraのコースはフリーではないのでは?とコメントを頂きました。 修了証付きの専門講座に関してはご指摘の通り、有料となっています。一方で、単一のコースを閲覧する分には無料で受けることができるので、その手順をご紹…