repr()、str()、eval() のお話

Python

Biopython Tutorial and Cookbookの和訳を行ってる最中。 >>> from Bio import SeqIO >>> for seq_record in SeqIO.parse("ls_orchid.gbk", "genbank"): ... print(repr(seq_record.seq)) Seq('CGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTGATGAGACCGTGG...CG…

2017-09-01

ベン図の上限

R

Rでベン図を描く。 VennDiagramというライブラリが使いやすくて視覚的にもわかりやすかった。今回6つのデータセットをベン図にplotする必要があったので、6つのベン図ってなんだよと思いつつ、実行してみたら、普通にエラーが出た。VennDiagramの上限は5つ…

2017-08-28

nCr をpython で書くと。。

Python

つまりn個からr個取り出す組み合わせというやつ。これをPythonで書きたい。そんなときは高階関数reduceを使う。 import operator as op def ncr(n,r): r = min(n-r,r) if r == 0: return 1 num_over = reduce(op.mul, xrange(n, n - r, -1)) num_under = r…

2017-07-08

MkDocs 使ってみた。

Python

昨日任された業務を紹介しよう。 Web上でパワポの内容をWebページで見れるようにして！というものだ。こんなとき、MkDocsがとても便利。 MkDocsの公式に飛ぶ。サイト自体がMkDocsで作られてる。こんなページがMarkdownでお手軽に作れるのがMkDocs。いち…

2017-07-02

Webスクレイピングで、、

Python

インターンの方でWebスクレイピングが必要になったので、お勉強。 shop.oreilly.com このHTML中の <tr class="gift" id="gift1"><td> <tr class="gift" id="gift2"><td> <tr class="gift" id="gift3"><td> <tr class="gift" id="gift4"><td> <tr class="gift" id="gift5"><td> をとってきたいんだけど、 from urllib.request import urlopen from bs4 import BeautifulSou…</td></tr></td></tr></td></tr></td></tr></td></tr>

2017-06-29

O/Nの罠

4℃ O/N お久しぶりである。 O/Nという表現、なんだかわかるだろうか？ OverNightの略である。有機化学の実験プロトコルだとよくあるそうだが、自分の場合、一次抗体を抗原に反応させる際に登場した。というか、今、登場してて、あれ、OverNightって、夜が…

2017-06-12

Grinnを使った統計解析

R Neo4j

GrinnというRのパッケージを使って統合解析を行ったのでまとめておく。あくまでもメモスタイル。 Grinnとはバイオインフォマティクスのプラットフォーム。Neo4jというアプリケーションで使える内部グラフデータベース、オミクス研究向けのRパッケージを含む…

2017-06-05

ちょっと便利シリーズ

Python

unicodedata モジュールが便利そう。 unicodedata.name(chr[, default]) 文字 chr に付いている名前を、文字列で返します。名前が定義されていない場合には default が返されますが、この引数が与えられていなければ ValueError を発生させます。 unicodedat…

2017-06-04