前略、お元気ですか。昔のkimoton様 昔の人と話して、最近の自分が圧倒的に普遍的なことばかり書いている、話していることに気づいた。 なぜだ。これが社会の闇というやつか。 昔はもっと自由に書いていた。まぁただ感じたままの現実を綴っていただけだった…

はじめに Docker って何？ メリット デメリット 継続的インテグレーション（Continuous Integration）を加速する Docker コマンド 公開されているDocker イメージを使いたい！ 今ローカル環境に存在するイメージを知りたい！ コンテナを生成して起動したい！…

QCとは バイオインフォマティクスの解析では、通常シーケンサから出力されたリードの配列データを入力データとします。 このデータから、様々な解析を行い、生物学的な意味合いを見出すのですが、 その前に、そのデータが本当に解析する価値のあるものなのか…

はじめに FASTX toolkitは、ショートリードのfastqファイルの前処理に使用されるコマンドラインツールの集合です。 低クオリティーのリードを除去したい場合や、クオリティーを基準に塩基をトリミングしたい際等に使用されます。 似たようなツールとしては、…

Sphinx とは Python製のドキュメント生成ツール。 特徴としては以下の通り。 reStructuredTextで記述する（プラグインの導入によりMarkdownも可） ドキュメントを複数ファイルに分けて管理することができる 実体はプレーンテキストなのでGit等でバージョン管…

パッケージ概要 再利用可能な関数などを集めたスクリプトファイルのことをモジュールと呼びます。 さらに、同系列のモジュールを集めたものをパッケージと呼びます。外部のツールの多くは、このパッケージという単位で公開されています。 そういえばこんなツ…

とあるRのツールを実行した際、こんなエラーが出た。 Fatal error: cannot create 'R_TempDir' Rの一時ディレクトリが作れないと。 なるほど。なんでだ。 R_TempDirという環境変数でディレクトリが設定されているのかと思って下記を打つも登録されていない。…