2018-02-01から1ヶ月間の記事一覧
SeqPrep github.com SeqPrepはPandaSeqとは違うアルゴリズムのoverlapをマージするツール。 https://github.com/jstjohn/SeqPrep TechSupport@illumina.comからイルミナにアダプター配列のリストをもらえたりするらしい。 アダプター配列は自分でリード見て…
https://github.com/OpenGene/fastp fastp A tool designed to provide fast all-in-one preprocessing for FastQ files. This tool is developed in C++ with multithreading supported to afford high performance. Fastqファイルの前処理全てが素早く実行…
reshape2 ggplot2はRでプロットする際に頻繁に用いられる。 しかし、Excelのデータをcsvにしてそのまま読み込んでggplot2に渡したところで、データの形を勝手に判断してくれるわけがない。ggplotはわがままなので、データの整形という処理が必要だ。 いって…
前の記事で紹介したtoolの1つ。pandaseq を使ってみる。 github.com インストールは簡単。 まず git clone https://github.com/neufeld/pandaseq.git 中に入って sudo apt-get install build-essential libtool automake zlib1g-dev libbz2-dev pkg-config .…
きっかけ paired-endのサンプルのoverlapを取り除く方法を検討してたらいろいろ整理されてる記事に巡り合えたので和訳しつつ理解を深める single-end, paired-end fastqファイルには、シーケンシングのされ方で2種類ある。UCSCなんかからfastqをダウンロード…
Rsamtools を使った判定法 > packageVersion("Rsamtools") [1] ‘1.20.5’ library(Rsamtools) # ファイルのPATHを指定 fl <- system.file("extdata", "ex1.bam", package="Rsamtools") > quickBamFlagSummary(fl) group | nb of | nb of | mean / max of | re…
グラフを並べて表示したいとき、 2つの方法がある。ほかにもあるかもだけど2つの方法を知っている。 matplotlib.pyplot.subplotsを使う fig, axes = plt.subplots(figsize=(10, 10), nrows=2, ncols=4, subplot_kw={'adjustable': 'box-forced'}) axes には …
