細かいことは気にせず、 ipythonを使うべし。 IPython IPythonは、対話的コンピューティングと、並列コンピューティングを行うためのオープンソースプラットフォームです。 機能をご紹介しましょう。 補完機能 pythonインタプリタでTab補完機能を使うことが…

JDK10が出たらしいですね。 最近知りました。 alternativesを使えば、javaのバージョン管理が簡単にできちゃいます。 ダウンロードも簡単にできちゃいます。 いちいち面倒ですよね。wgetで落としたいですよね。 ここを参考にしました。ダウンロード先のリン…

メタゲノム解析で使うqiime2のDockerイメージをプルしたときのこと。 中身が気になってDockerfileを見に行った。 ところが、、 Dockerイメージがなかった。Docker hub上に、なかったのだ。 何言ってんの？ つまりこういうこと。 通常、Docker hubにあがって…

と言われた。 そうか。これは綺麗なコードじゃないのか。 いいだろう従おう。 ほしい関数 リストを受け取り、偶数個ずつリストで返すジェネレータ関数。 以下みたいな挙動を示すreturn_even_listを実装したい。 list1 = [1, 2, 3, 4, 5, 6] for i in return_…

AWSやAzureに移行したい。 そんな時、インスタンスのスペックを決定する必要がある。 インスタンスのスペックを決定するには、 メモリサイズ CPU数 ストレージサイズ の3つがわかればよい。 以下のようなスクリプトを使えば、実行しているプロセスに関するps…

ansiblerになりたい、、！！ ansibleというよりdockerの記事です。ご容赦ください。 きっかけ 巷にあふれているansibleに関する文献は、大抵Vagrantを使って仮想マシンを立てている。 しかし、Vagrantはとっても重い。 マシンの作成にも、起動にもとっても時…

KaggleのKernelには先日からお世話になっている訳ですけども。 いっつもね。気になってたんですよ。 ！！ ついにクリックしてしまいましたよ。 これはいったいなんなのか。 どうやらKaggleでは、毎週、過去14日間に公開されたKaggle Datasetsを使用しているK…

Kaggleを制するにはKernelを制すべし。って誰かが言っていたので、適当なKernelを動かしてみることにしました。 www.kimoton.com の続きです。 前回までのあらすじ。 データの前処理（Imputation）を行った後、 様々な側面からデータを可視化した結果、性別…

さぁやって参りました。 Kaggle入門編第一回目。 Kaggleを制するにはKernelを制すべし。って誰かが言っていたので、適当なKernelを動かしてみることにしました。 今回は、Samson Qian氏（きっとスゴイ人）のKernelである Titanic: Beginner's Guide with skl…

SeuratはシングルセルRNA解析で頻繁に使用されるRのパッケージです。 Seuratを用いたscRNA解析について、CCAによるbatch effect除去などを含めた手法を丁寧に解説します。

きっかけ 開発フローが中途半端に定まってない。 社内で何か知識共有をしたかった WIPでプルリク出すとか、なんかかっこいい。 slideshipでスライド作ってみたかった。 スライド作った。 良かったら見てってくださいな。 slideship使って作ったけどもう使い…

から、Google's R Style Guideに従おうと思う。 前回の続きである。 bioinfo.hatenablog.com General Layout and Ordering If everyone uses the same general ordering, we'll be able to read and understand each other's scripts faster and more easily…

から、Google's R Style Guideに従おうと思う。 File Names File names should end in .R and, of course, be meaningful. ファイル名は.R にしましょう。 自分のRの師匠は.r使ってました。 彼はgoogle入れませんね。 Identifiers Don't use underscores ( _…

Rmarkdownとは Markdown記法をベースに、チャンクという形でRのコードを記述して評価・出力することができるモノ。 出力形式としてはPDF、 HTML、 Microsoft Word等、あらゆる出力に対応しています。 Airbnbでも使われているらしい。。 https://qiita.com/Ka…