以前紹介した（Seuratを駆使する会 ① - ばいばいバイオ） Seuratというsingle cell RNA-seq解析のパッケージの中に、JackStraw Plotというものがある。 single cell RNA-seq解析は、 細胞ごとに遺伝子発現パターンを見る。 その発現パターンでクラスタリング…

jupyter notebook で Rを使う。 IPython notebook から Jupyter notebookになった所以として、Python以外のカーネルに対応したからだという。 ただデフォルトではpythonしか使えないではないか。 ということで使えるようにしてみた。 Requirements Jupyter n…

細かいことは気にせず、 ipythonを使うべし。 IPython IPythonは、対話的コンピューティングと、並列コンピューティングを行うためのオープンソースプラットフォームです。 機能をご紹介しましょう。 補完機能 pythonインタプリタでTab補完機能を使うことが…

JDK10が出たらしいですね。 最近知りました。 alternativesを使えば、javaのバージョン管理が簡単にできちゃいます。 ダウンロードも簡単にできちゃいます。 いちいち面倒ですよね。wgetで落としたいですよね。 ここを参考にしました。ダウンロード先のリン…

メタゲノム解析で使うqiime2のDockerイメージをプルしたときのこと。 中身が気になってDockerfileを見に行った。 ところが、、 Dockerイメージがなかった。Docker hub上に、なかったのだ。 何言ってんの？ つまりこういうこと。 通常、Docker hubにあがって…

と言われた。 そうか。これは綺麗なコードじゃないのか。 いいだろう従おう。 ほしい関数 リストを受け取り、偶数個ずつリストで返すジェネレータ関数。 以下みたいな挙動を示すreturn_even_listを実装したい。 list1 = [1, 2, 3, 4, 5, 6] for i in return_…

AWSやAzureに移行したい。 そんな時、インスタンスのスペックを決定する必要がある。 インスタンスのスペックを決定するには、 メモリサイズ CPU数 ストレージサイズ の3つがわかればよい。 以下のようなスクリプトを使えば、実行しているプロセスに関するps…

ansiblerになりたい、、！！ ansibleというよりdockerの記事です。ご容赦ください。 きっかけ 巷にあふれているansibleに関する文献は、大抵Vagrantを使って仮想マシンを立てている。 しかし、Vagrantはとっても重い。 マシンの作成にも、起動にもとっても時…

KaggleのKernelには先日からお世話になっている訳ですけども。 いっつもね。気になってたんですよ。 ！！ ついにクリックしてしまいましたよ。 これはいったいなんなのか。 どうやらKaggleでは、毎週、過去14日間に公開されたKaggle Datasetsを使用しているK…

Kaggleを制するにはKernelを制すべし。って誰かが言っていたので、適当なKernelを動かしてみることにしました。 www.kimoton.com の続きです。 前回までのあらすじ。 データの前処理（Imputation）を行った後、 様々な側面からデータを可視化した結果、性別…

さぁやって参りました。 Kaggle入門編第一回目。 Kaggleを制するにはKernelを制すべし。って誰かが言っていたので、適当なKernelを動かしてみることにしました。 今回は、Samson Qian氏（きっとスゴイ人）のKernelである Titanic: Beginner's Guide with skl…

SeuratはシングルセルRNA解析で頻繁に使用されるRのパッケージです。 Seuratを用いたscRNA解析について、CCAによるbatch effect除去などを含めた手法を丁寧に解説します。

きっかけ 開発フローが中途半端に定まってない。 社内で何か知識共有をしたかった WIPでプルリク出すとか、なんかかっこいい。 slideshipでスライド作ってみたかった。 スライド作った。 良かったら見てってくださいな。 slideship使って作ったけどもう使い…

から、Google's R Style Guideに従おうと思う。 前回の続きである。 bioinfo.hatenablog.com General Layout and Ordering If everyone uses the same general ordering, we'll be able to read and understand each other's scripts faster and more easily…

から、Google's R Style Guideに従おうと思う。 File Names File names should end in .R and, of course, be meaningful. ファイル名は.R にしましょう。 自分のRの師匠は.r使ってました。 彼はgoogle入れませんね。 Identifiers Don't use underscores ( _…

Rmarkdownとは Markdown記法をベースに、チャンクという形でRのコードを記述して評価・出力することができるモノ。 出力形式としてはPDF、 HTML、 Microsoft Word等、あらゆる出力に対応しています。 Airbnbでも使われているらしい。。 https://qiita.com/Ka…

simpleSingleCellライブラリを入れようとしたら。。 Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : unable to load shared object '~~~': `maximal number of DLLs reached... エラーがでた。 ダイナミックリンクライブラリ (Dynamic Link Library: DL…

アンダースコアなのかアンダーバーなのか そんなことはどっちでも良い。 問題はpythonでアンダースコア（アンダーバー）がよく登場することだ。 お品書き。 1つのアンダースコアから始まる属性名（_var） 2つのアンダースコアから始まる属性名（__var） 1つ…

Dockerの繁栄により、昨今全く脚光を浴びることがなくなったVagrant Support Hyper-V provider within WSL by chrisroberts · Pull Request #9943 · hashicorp/vagrant · GitHub 18日前にVagrant v 2.1.2がreleaseされ、上記のissueが対応された。 Vagrantに…

Pythonプロフェッショナルプログラミング 第3版作者:株式会社ビープラウド秀和システムAmazon これすんごい良いです。 まだChapter 06までしか読んでないんですけども。 すんごいよさそうです。 プロフェッショナルプログラミングだからプロプロって呼ぶんか…

Rのいくつかのパッケージは、標準でUNIXに組み込まれているライブラリのほかに、いくつかのライブラリに依存しているものがある。 こういったものをインストールしようとすると、以下のようなエラーが出る。 Error: package or namespace load failed for ‘p…

2020/02/21 カラム名の中央揃え追記 -- こんな検索ワードで検索したあなたが引っかかってくれると信じて。 option description -i indexファイル名 -o outputファイル名 -b ブートストラップの回数 --single single-end の場合、付ける。 -l 平均のフラグメ…

バイオインフォで扱うデータってcolumnが多い場合が多々あります。 例えば、10X Genomicsの公開データ（bam）をsamtoolsで見てみると。 kimoton@DESKTOP-BL78EM7:~$ samtools view http://s3-us-west-2.amazonaws.com/10x.files/samples/cell-exp/2.1.0/pbmc…

きっかけ 最近のRパッケージ（今回はsinglecell解析に使うパッケージ）がR 3.5.0でないと動かない。。 Bioconductor - SingleCellExperiment (development version) R 3.5.0入れたdocker imageを動かそうとも考えたけど、データのマウントとか面倒そう。。 W…

An Interface to Google Drive • googledriveを使ってみた 特徴 ほとんどの関数はdrive_で始まっているおかげでgoogledriveパッケージの関数を自動補完で呼び出しやすい。 find, ls, mv, cp, mkdir, rmといったUINIXコマンドを打つようにgoogleドライブを操…

An Interface to Google Drive • googledriveこれ使ってgoogledriveをコマンドからいじれるようにしたかったのにそもそもWSL内にgoogle-chromeが入ってなかった。 google-chromeをインストール google-chromeをインストールします。 署名鍵のダウンロード、…

クラスタリングを行ったあと、各クラスタがどんな特徴を持っているのか知りたいときはレーダーチャートを書いたりする。 radarchart関数を使う radarchart(df)でとりあえずのレーダーチャートはかける。ここで与えるデータフレームは df The data frame to b…

k-meansの必要なところだけ。 k-meansとは 非階層的クラスタリング手法の１つ。 要するに何をしているのか k個のクラスターの初期位置を決める。 各データをk個のクラスターとの距離を求め、最も近い位置のクラスターに分類。 形成されたクラスターの中心を…

RのパッケージをCRANから落とす際、 > install.packages(pkg) --- このセッションで使うために、CRAN のミラーサイトを選んでください --- structure(.External(.C_dotTclObjv, objv), class = "tclObj") でエラー: [tcl] grab failed: window not viewable.…

Rの標準ライブラリ(pngなど)がないと怒られた。 入れようとしたら、 install.packages("png") ・ ・ ・ ** testing if installed package can be loaded Error: package or namespace load failed for ‘png’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...): 共…