Rosalindの紹介はこちらから。 www.kimoton.com 本日は自然界でも見られる数列、フィボナッチ数列についての実装を見ていきます。 rosalind.info 生物学的知識のおさらい 参考：相補性 (分子生物学) - Wikipedia 中世で最も才能があったと評価されるイタリア…

生存時間データの分析に関してちょこちょこ取り上げていますが、今回はそんな生存時間データにDeep Learningを適用してみた論文、DeepSurv論文を読んでまとめてみました。 bmcmedresmethodol.biomedcentral.com 1分で理解するDeepSurv Cox比例ハザードモデル…

Rosalindの紹介はこちらから。 www.kimoton.com 本日は基礎中の基礎第3弾、DNA配列を逆相補鎖に変換するコードを書いていきたいと思います。 rosalind.info 生物学的知識のおさらい 参考：相補性 (分子生物学) - Wikipedia 核酸の一次構造は、核酸ポリマーの…

Rosalindの紹介はこちらから。 本日は基礎中の基礎第2弾、DNA配列をRNA配列に転写するコードを書いていきたいと思います。 生物学的知識のおさらい 参考：リボ核酸 - Wikipedia 前回のおさらいでは、DNAは、アデニン（A）、シトシン（C）、グアニン（G）、お…

Rosalindの紹介はこちらから。 本日は基礎中の基礎、DNA塩基数を数えるコードを書いていきたいと思います。 rosalind.info 生物学的知識のおさらい 参考：クロマチン - Wikipedia すべての生物を構成する細胞は、生命の構成要素であると考えられています。 …

ブラウザ実行型の環境、便利ですよね。 フロントエンドに特化したものだとCodePenなんかが有名ですが、 その他の言語でも同様にブラウザ実行できる実行環境があると教育用や共有の際に便利かと思います。 今回紹介するRepl.itは、リアルタイム編集機能が付い…

日本語表示できない問題 Matplotlibでは、日本語を扱えるフォントが指定されていない場合に日本語を含んだプロットを出力すると、文字化け（◻︎）が表示されてしまいます。 plt.figure() plt.title("てすと") 日本語フォントをダウンロード 日本語を表示する…

以前の記事ではざっくり無料で学べるバイオインフォマティクス関連コンテンツに関してご紹介しました。 www.kimoton.com その中でも特にオススメなのが今回紹介するRosalindです。 競技プログラミング！？と書きましたが、形式が競プロ（課題を解き答えをsub…

Galaxyとは Galaxyは、プログラミングに長けていないユーザーでもバイオインフォマティクス解析のパイプラインを構築できるように作られたOSS（Academic Free License）です。世界中のユーザーから構成されるコミュニティによって維持されており、ヘルプペー…

先日Courseraを紹介しましたが、courseraのコースはフリーではないのでは？とコメントを頂きました。 修了証付きの専門講座に関してはご指摘の通り、有料となっています。一方で、単一のコースを閲覧する分には無料で受けることができるので、その手順をご紹…

最近バイオインフォマティクスを学びたいという方によく巡り合う気がします。 私kimoton、バイオインフォマティクスと名の付く書籍は多数読み漁ってまいりました。そんな経験を活かし、今回は無料かつオンライン上で利用できるコンテンツに絞ってご紹介させ…

つい数年前までは、「DNA検査」と言うと父子鑑定を思い浮かべる方がほとんどでしたが、最近では日本でもDeNAのMyCodeやGenesis HealthcareのGeneLife、高橋祥子社長で有名なGene Questなど、様々な個人向け遺伝子検査サービスが出てきており、その認識が変わ…

ここまでで紹介してきた生存関数の推定やハザード関数の推定、ログランク検定といったノンパラメトリックな手法は、一標本の生存時間データ解析、二群間の比較に有用な方法になります。 一方で、実際の医学研究では、個々の被験者について、生存・死亡といっ…