本日のお題。 与えられた配列の全permutationを取得する方法について、pythonとjuliaで書いてみる。 1から書いてもいいのですが、実用性を考えてパッケージを使用した方法をご紹介。 Python編 itertoolsパッケージのproduct関数を使用します。 引数にはitera…

勉強会 ちょっと業務でRESTfulなAPIを作成する必要が出てきました。 3/27 (水) に再度勉強会開くのでぜひ。 connpass.com 3/14の内容復習編。 Djangoプロジェクトの作成 Python環境にはpipenvを使用します。 # 仮想環境の作成（python 3.6） $ pipenv instal…

勉強会 ちょっと業務でRESTfulなAPIを作成する必要が出てきました。 3/14 (水) にこの本使って勉強会開くのでぜひ。 そのための予習メモ。 connpass.com WWW (World Wide Web) 1960年代に登場したが、初期は孤立したネットワークとして存在した（軍事、科学…

まだプレリリース版のSeruat v3.0ですが、 10Xのサイトで以下のように言及されたことにより、こちらを使用する人が増えている気がします。 Seurat 3.0 is specifically designed to handle the type of multi-data experiments enabled by Feature Barcoding…

最近ブログが滞ってきていて。 Ansibleが触りたくなってきていて。 ブログ枠が空いていたAnsibleもくもく会 （サーバ編）に参加してきました！ ansible-users.connpass.com Ansibleもくもく会とは Ansible 及び Ansible Towerに関してもくもく勉強をしていく…

github.com apt-getで入手できるnode.jsはバージョンがかなり古い。 複数のバージョン管理が可能かつ最新版のnode.jsもインストール可能なnodebrewを使用すると、いろいろ楽ができるという話。 WSLと書いてはいるけれど、WSLに限った話ではないです。 前準備…

論文要約シリーズ第1弾！ 論文じゃなかったレビューだった。 Single-cell RNA sequencing technologies and bioinformatics pipelines Experimental & Molecular Medicinevolume 50, Article number: 96 概要 Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) は、が…

概要 よく使うけど忘れがちなコマンドをメモメモ。 プロジェクトの開始 git管轄下に置きたいとき。 $ cd [対象ディレクトリ] $ git init $ git remote add origin git@github.com:[ユーザ名/リポジトリ名.git] 新規でディレクトリから作る場合、git init [デ…

話題 Docker for Windows & WSLだと、dockerのマウント機能がうまく作用しないとか何とか。 Docker for WindowsをWSLから使う時のVolumeの扱い方 - Qiita Docker-compose and incorrect absolute paths for volumes · Issue #1854 · Microsoft/WSL · GitHub …

噂によると、次世代感満載のdockerが使えるようになっているらしい。 その名も、BuildKit。 Docker 18.06より実験的に使用可能だったものが，Docker 18.09にて正式に採用されたとか。 Docker Build Meetupで盛んに話されていたようです。以下のまとめが美し…

Dockerfileでプライベートリポジトリからレポジトリをclone。 わかります？？ 以下の記事を参考にしました。 vsupalov.com 通常このように書けばいいと思われがち。 というか自分はこれでいいと思っていた。 ARG SSH_PRIVATE_KEY RUN mkdir /root/.ssh/ RUN …

今日はとあるコンペのご紹介を使用と思う。 その名も、Bioinformatics Contest 2019！ Online programming competition among individuals organized annually by Bioinformatics Institute in cooperation with ITMO University 毎年、Bioinformatics Insti…

概要 昔こんな記事を書いたことがあった。 www.kimoton.com ssh接続できるDockerイメージを作成してansibleのtargetノードとして使用する、的なモノだ。 まぁこの記事ではssh接続できるようにしただけで終わってたのだけど。。 Docker イメージをansibleのテ…

いやいや何が決まり！だよ、全然決まらねーよっていうタイトルすみません。 キャッチーなタイトルをつける検証をしています。 きっかけ 自動コード整形ツール。弊社では全く導入されていない。 何故か。 知らないからだ。 vimプラグインと手作業での修正とい…

概要 新しいも面白いも楽しいも正義なんだよ— いちたる (@_kimoton) December 18, 2018 ということで、やっていきましょうpipenv 前回の以下の記事ではPipenvのインストールとPython3.7.1環境の作成を行いました。 今回はもうちょっと真面目にPipenvを使って…

今更ですがScrapyのインストールについて詳しめに。 Scrapyの動作環境 Scrapy runs on Python 2.7 and Python 3.4 or above under CPython (default Python implementation) and PyPy (starting with PyPy 5.9). ScrapyはPython2.7、若しくはPython>=3.4のも…

本日Dockerを使用していて、 ユーザーディレクトリをマウントしたまま夢の $ rm -rf / を試しに行いましたところ。 ユーザーディレクトリ以下がすべて消えたkimotonです。 これまでWSL + wsl-terminal + bashを使っていたのですが、そろそろモダンな環境への…

概要 PyQtを使うか、PySideを使うか。 ん。何が違うんだ。 一番怖いのはライセンスの部分。 以下はPyQtのGithiub GPLとなっている。 一方こちらPySideのGithub LGPLとなっている。 Githubに公開されているようなオープンソースのソフトウェアはほとんどがこ…

Dockerfileを見ていて Dockerfileでは、以下のように指定することが多い。 うん。割とどのDockerfileでもこうやっている。 RUN apt-get update && apt-get install -y \ aufs-tools \ automake \ build-essential \ curl \ dpkg-sig \ libcap-dev \ libsqlit…

いまだにRDBをあまり使ったことがない。 恥ずかしい。 ということで、巷で有名なPostgreSQLを使用してみた！ インストール PostgreSQL: Downloadsからお手持ちのOSに合ったバイナリを落としてきてください。 手順に沿えば勝手にインストールされるはずです。…

※ 2020/02/21 色々説明不足な点を追記 昔血迷ってただけの文章なので優しい目で読んで下さい。 きっかけは。 まだそんなに開発が進んでいないが、とっても気になるリポジトリを見つけた。 github.com scrapy-selenium。要するに、Scrapy上でSeleniumを使用で…

概要 毎度おなじみScrapyです。 Scrapyを使ったクローリングツールの作成手順として、Scrapyのチュートリアルでは以下のような手順を辿っています。 Scrapyのプロジェクトを作成。 Spiderと呼ばれる、クローリングを行い、データの抽出を行うためのクラスを…

Scrapyは、Python製のスクレイピング用フレームワークです。 Scrapyのアーキテクチャ・設計を見ることで、Scrapyの内部で何が起きているのか、その全貌をざっくり理解しましょう。

Scrapyは、Python製のスクレイピング用フレームワークです。 Scrapyのごく簡単なチュートリアルを紹介しつつ、Scrapyを使用するメリットについて、考察します。 BeautifulSoupや、Seleniumだけでは足りない処理とは。。

SeuratはシングルセルRNA解析で頻繁に使用されるRのパッケージです。 Seuratを用いたscRNA解析について、CCAによるbatch effect除去などを含めた手法を丁寧に解説します。

前略、お元気ですか。昔のkimoton様 昔の人と話して、最近の自分が圧倒的に普遍的なことばかり書いている、話していることに気づいた。 なぜだ。これが社会の闇というやつか。 昔はもっと自由に書いていた。まぁただ感じたままの現実を綴っていただけだった…

はじめに Docker って何？ メリット デメリット 継続的インテグレーション（Continuous Integration）を加速する Docker コマンド 公開されているDocker イメージを使いたい！ 今ローカル環境に存在するイメージを知りたい！ コンテナを生成して起動したい！…

QCとは バイオインフォマティクスの解析では、通常シーケンサから出力されたリードの配列データを入力データとします。 このデータから、様々な解析を行い、生物学的な意味合いを見出すのですが、 その前に、そのデータが本当に解析する価値のあるものなのか…

はじめに FASTX toolkitは、ショートリードのfastqファイルの前処理に使用されるコマンドラインツールの集合です。 低クオリティーのリードを除去したい場合や、クオリティーを基準に塩基をトリミングしたい際等に使用されます。 似たようなツールとしては、…

Sphinx とは Python製のドキュメント生成ツール。 特徴としては以下の通り。 reStructuredTextで記述する（プラグインの導入によりMarkdownも可） ドキュメントを複数ファイルに分けて管理することができる 実体はプレーンテキストなのでGit等でバージョン管…