GrinnというRのパッケージを使って統合解析を行ったのでまとめておく。あくまでもメモスタイル。

Grinnとは

バイオインフォマティクスのプラットフォーム。Neo4jというアプリケーションで使える内部グラフデータベース、オミクス研究向けのRパッケージを含む。
グラフデータベースには、KEGGや SMPDB、ENSEMBLといったいくつかのデータベースを含んでいる。異なるネットワークの再構築が可能。例えば、

metabolite-protein-gene
metabolite-protein, metabolite-pathway
protein-gene
protein-pathway
gene-pathway

インストール

必要ソフト

R
shiny

以下のコマンドを用いたRパッケージのインストール

  #Install devtools R package, 
  if not exist
  install.packages("devtools")

  #Install grinn package
  library(devtools)
  devtools::install_github("kwanjeeraw/grinn")
  library(grinn)

内部データベース

Human, Arabidopsis, Mouse, Rat, Saccharomyces cerevisiae and Escherichia coli k-12に対するデータベースが利用可能。Humanデータベースはデフォルトで利用可能。

Grinnのデータベースは以下から入手可能。 https://sourceforge.net/projects/grinn/

データベースの切り替え

Neo4jが必要

起動

$ bin/neo4j start
Active database: graph.db
Directories in use:
・
・
・
Neo4j is already running (pid 20733)

確認

$ curl -H Accept:application/json 
http://localhost:7474/db/data/
{
"extensions" : { },
"node" : "http://localhost:7474/db/data/node",
"relationship" : 
"http://localhost:7474/db/data/relationship",
"node_index" : "http://localhost:7474/db/data/index/node",
"relationship_index" :"http://localhost:7474/db/data/index/relationship",
"extensions_info" : "http://localhost:7474/db/data/ext",
"relationship_types" : "http://localhost:7474/db/data/relationship/types",
"batch" : "http://localhost:7474/db/data/batch",
"cypher" : "http://localhost:7474/db/data/cypher",
"indexes" : "http://localhost:7474/db/data/schema/index",
"constraints" : "http://localhost:7474/db/data/schema/constraint",
"transaction" : "http://localhost:7474/db/data/transaction",
"node_labels" : "http://localhost:7474/db/data/labels",
"neo4j_version" : "3.2.1"

}

停止
```
 $ bin/neo4j stop
```

データベースの確認、切り替え

  #Change the internal database by providing the database url, e.g. "http://database.location:7474/db/data/"
  setGrinnDb("http://localhost:7474/db/data/")

  #Check current internal database location
  getGrinnDb()