遺伝子検査とライフスタイルの行動変容に関するSystematic Review

遺伝子検査サービスを行動変容理論と絡めた現状唯一?のSystematic Reviewだったのでサマリながら理解します。 (query:"behaviour change" AND "personalization") 論文を読む目的 行動変容理論を組み合わせた介入に関して雰囲気掴みたい 遺伝子検査を介…

分数多項式を使用した分析:重症患者における初期乳酸および正常化時間とハザードとの関連

実務において、非線形な関係性を説明性の担保できる統計的手法でモデリングしたい状況となっております。David W. Hosmerの本において、分数多項式解析が使用されていたのでその実用例を調査します。 論文を読む目的 分数多項式を使用したモデル構築フローを…

分析・開発環境構築(Windows編)

かなり時間が空いてしまった。ブログを継続するのはなんと難しいことか。 最近購入したデスクトップPCに環境構築する機会があったので、kimotonの分析・開発環境をここにまとめておきます。 WSL2のインストール 今やWindows使いの開発環境はWSL2一択です。Vi…

血液由来DNAと唾液由来DNAのWGSサンプルの品質評価

巷ではやり始めている遺伝子検査キット。このサービスの大半は唾液を送って解析しますよね。唾液からDNAが取れるのはなぜかというと、白血球が大量に含まれているためだそうです(下記参照)。 遺伝子検査の試料として、なぜ唾液が使えるのか。一般的な試料…

PackageCompiler.jl を使った初回実行高速化

Juliaは初回ロード時にJIT(Just In Time)コンパイルを行っているため、巨大なパッケージをロードする場合、実行に時間がかかってしまいます。2回目以降の実行ではコンパイル済みなのでC並の速度が出ますが、ファイルを実行してデバッグするようなスタイル…

Rosalindを解く - フィボナッチ数列

Rosalindの紹介はこちらから。 www.kimoton.com 本日は自然界でも見られる数列、フィボナッチ数列についての実装を見ていきます。 rosalind.info 生物学的知識のおさらい 参考:相補性 (分子生物学) - Wikipedia 中世で最も才能があったと評価されるイタリア…

生存時間データへのDeep Learningの適用 - DeepSurv

生存時間データの分析に関してちょこちょこ取り上げていますが、今回はそんな生存時間データにDeep Learningを適用してみた論文、DeepSurv論文を読んでまとめてみました。 bmcmedresmethodol.biomedcentral.com 1分で理解するDeepSurv Cox比例ハザードモデル…