血液由来DNAと唾液由来DNAのWGSサンプルの品質評価

巷ではやり始めている遺伝子検査キット。このサービスの大半は唾液を送って解析しますよね。唾液からDNAが取れるのはなぜかというと、白血球が大量に含まれているためだそうです(下記参照)。 遺伝子検査の試料として、なぜ唾液が使えるのか。一般的な試料…

PackageCompiler.jl を使った初回実行高速化

Juliaは初回ロード時にJIT(Just In Time)コンパイルを行っているため、巨大なパッケージをロードする場合、実行に時間がかかってしまいます。2回目以降の実行ではコンパイル済みなのでC並の速度が出ますが、ファイルを実行してデバッグするようなスタイル…

Rosalindを解く - フィボナッチ数列

Rosalindの紹介はこちらから。 www.kimoton.com 本日は自然界でも見られる数列、フィボナッチ数列についての実装を見ていきます。 rosalind.info 生物学的知識のおさらい 参考:相補性 (分子生物学) - Wikipedia 中世で最も才能があったと評価されるイタリア…

生存時間データへのDeep Learningの適用 - DeepSurv

生存時間データの分析に関してちょこちょこ取り上げていますが、今回はそんな生存時間データにDeep Learningを適用してみた論文、DeepSurv論文を読んでまとめてみました。 bmcmedresmethodol.biomedcentral.com 1分で理解するDeepSurv Cox比例ハザードモデル…

Rosalindを解く - DNA逆相補鎖変換

Rosalindの紹介はこちらから。 www.kimoton.com 本日は基礎中の基礎第3弾、DNA配列を逆相補鎖に変換するコードを書いていきたいと思います。 rosalind.info 生物学的知識のおさらい 参考:相補性 (分子生物学) - Wikipedia 核酸の一次構造は、核酸ポリマーの…

Rosalindを解く - DNAからRNAへの転写

Rosalindの紹介はこちらから。 本日は基礎中の基礎第2弾、DNA配列をRNA配列に転写するコードを書いていきたいと思います。 生物学的知識のおさらい 参考:リボ核酸 - Wikipedia 前回のおさらいでは、DNAは、アデニン(A)、シトシン(C)、グアニン(G)、お…

Rosalindを解く - DNA塩基数のカウント

Rosalindの紹介はこちらから。 本日は基礎中の基礎、DNA塩基数を数えるコードを書いていきたいと思います。 rosalind.info 生物学的知識のおさらい 参考:クロマチン - Wikipedia すべての生物を構成する細胞は、生命の構成要素であると考えられています。 …