Linux

EMBOSSでアライメント

アライメント。 要するに配列を比較し、並べる操作を指します。 遺伝子の発現量を測定したいときなど、遺伝子解析においてはアライメントを必要とする場面が多々登場します。 配列の類似度を表す基準は複数あり、その計算方法も複数あるため、いろんなアライ…

メモリの監視とインスタンスの決定

AWSやAzureに移行したい。 そんな時、インスタンスのスペックを決定する必要がある。 インスタンスのスペックを決定するには、 メモリサイズ CPU数 ストレージサイズ の3つがわかればよい。 以下のようなスクリプトを使えば、実行しているプロセスに関するps…

GNU datamash を使って転置

バイオインフォで扱うデータってcolumnが多い場合が多々あります。 例えば、10X Genomicsの公開データ(bam)をsamtoolsで見てみると。 kimoton@DESKTOP-BL78EM7:~$ samtools view http://s3-us-west-2.amazonaws.com/10x.files/samples/cell-exp/2.1.0/pbmc…

WSL (Windows Subsystem for Linux) で文字化け

An Interface to Google Drive • googledriveこれ使ってgoogledriveをコマンドからいじれるようにしたかったのにそもそもWSL内にgoogle-chromeが入ってなかった。 google-chromeをインストール google-chromeをインストールします。 署名鍵のダウンロード、…

共有ライブラリ

Rの標準ライブラリ(pngなど)がないと怒られた。 入れようとしたら、 install.packages("png") ・ ・ ・ ** testing if installed package can be loaded Error: package or namespace load failed for ‘png’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...): 共…