scRNA解析

Seurat を駆使する会②

SeuratはシングルセルRNA解析で頻繁に使用されるRのパッケージです。 Seuratを用いたscRNA解析について、CCAによるbatch effect除去などを含めた手法を丁寧に解説します。

scRNA解析に有用 - SingleCellExperiment クラス

SingleCellExperimentクラス single cell RNA (scRNA-seq) 解析のためのS4 Classesです。 様々なscRNA-seq解析のパッケージで採用されており、scRNA-seq解析に有用なデータを保持しながら解析を進めることができます。 Bioconductor Bioconductor - SingleCe…

JackStraw Plot (QQ-plot) を理解する

以前紹介した(Seuratを駆使する会 ① - ばいばいバイオ) Seuratというsingle cell RNA-seq解析のパッケージの中に、JackStraw Plotというものがある。 single cell RNA-seq解析は、 細胞ごとに遺伝子発現パターンを見る。 その発現パターンでクラスタリング…