Purpose scRNA-seq解析について知見を深める Title Identifying cell populations with scRNASeq Author Tallulah S.Andrews, Martin Hemberg Motivation これまでは、分子特性ではなく形態学に基づいた200種類程度までのセルタイプの判定を行っていた。 前…

GW始まってしまいましたね。 ブログの更新をだいぶ怠っていたので、ちゃっかり更新させて頂きます。 今日はPythonでscRNA-seq解析。Python実装のscRNA解析ツールといえばScanpyがまず思いつきます。 Seuratに比べてそこまで使われていない印象ですが、機能的…

まだプレリリース版のSeruat v3.0ですが、 10Xのサイトで以下のように言及されたことにより、こちらを使用する人が増えている気がします。 Seurat 3.0 is specifically designed to handle the type of multi-data experiments enabled by Feature Barcoding…

論文要約シリーズ第1弾！ 論文じゃなかったレビューだった。 Single-cell RNA sequencing technologies and bioinformatics pipelines Experimental & Molecular Medicinevolume 50, Article number: 96 概要 Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) は、が…

SeuratはシングルセルRNA解析で頻繁に使用されるRのパッケージです。 Seuratを用いたscRNA解析について、CCAによるbatch effect除去などを含めた手法を丁寧に解説します。

SingleCellExperimentクラス single cell RNA (scRNA-seq) 解析のためのS4 Classesです。 様々なscRNA-seq解析のパッケージで採用されており、scRNA-seq解析に有用なデータを保持しながら解析を進めることができます。 Bioconductor Bioconductor - SingleCe…

以前紹介した（Seuratを駆使する会 ① - ばいばいバイオ） Seuratというsingle cell RNA-seq解析のパッケージの中に、JackStraw Plotというものがある。 single cell RNA-seq解析は、 細胞ごとに遺伝子発現パターンを見る。 その発現パターンでクラスタリング…

SeuratはシングルセルRNA解析で頻繁に使用されるRのパッケージです。 Seuratを用いたscRNA解析について、CCAによるbatch effect除去などを含めた手法を丁寧に解説します。