R 3.5.0 へのアップデート（PPA利用）

きっかけ

最近のRパッケージ（今回はsinglecell解析に使うパッケージ）がR 3.5.0でないと動かない。。

f:id:kimoppy126:20180614091358p:plain

Bioconductor - SingleCellExperiment (development version)

R 3.5.0入れたdocker imageを動かそうとも考えたけど、データのマウントとか面倒そう。。 WSLのシステム中に入れちゃおう。

PPA(パーソナル・パッケージ・アーカイブ)を使用してインストールします。 PPAについてはこちらを参考にしてください。

要するにこういうことです。

PPAはUbuntuユーザーのチームや個人がそれぞれ管理している非公式のApp Storeのようなもので、Ubuntuの公式レポジトリからはダンロードできないソフトウェアや最新のバージョンのソフトウェアを手に入れることができます。
参考：UbuntuのPPAて何？ [Linuxの使い方] All About

インストール

1. システム内のパッケージを削除

apt-getを用いてインストールした R（r-cran-* とつくもの）の削除を削除する。

対象となるファイルのリストアップ。

dpkg -l | grep r-cran-

apt-getで削除

sudo apt-get remove r-cran-*

2. Michael Rutter's PPAの追加

aptレポジトリにrutterさんのPPAを追加します。忘れずにapt-get updateしてください。

sudo add-apt-repository ppa:marutter/rrutter3.5
sudo apt-get update

3. Rのアップグレード

取り込んだPPAからインストールします。

sudo apt install r-api-3.5

4. ライブラリの再インストール

R 3.4で使用していたライブラリを再インストールします。

installed <- rownames(installed.packages())
pkgs <- dir("~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4")

length(installed)
[1] 14
length(pkgs)
[1] 280

R 3.4.4では280のライブラリがインストールされていました。新しくインストールしたR3.5.0には初期状態で14のライブラリがインストールされています。

new <- setdiff(pkgs, installed)
length(new)
[1] 280

これら2つで共通していないものを抽出し、インストールします（今回は280個すべて）。 Ncpusで使用するCPU数を指定できます。

install.packages(new, Ncpus = 6)

結果

いくつかインストールに失敗してましたが、、

 警告メッセージ:
1:  パッケージ ‘AnnotationDbi’, ‘Biobase’, ‘BiocGenerics’, ‘BiocInstaller’, ‘BiocParallel’, ‘DelayedArray’, ‘GO.db’, ‘GenomeInfoDb’, ‘GenomeInfoDbData’, ‘GenomicRanges’, ‘HDF5Array’, ‘IRanges’, ‘Rhdf5lib’, ‘Rhtslib’, ‘S4Vectors’, ‘SingleCellExperiment’, ‘SummarizedExperiment’, ‘XVector’, ‘annotate’, ‘beachmat’, ‘biomaRt’, ‘bladderbatch’, ‘cellity’, ‘edgeR’, ‘genefilter’, ‘graph’, ‘impute’, ‘limma’, ‘org.Hs.eg.db’, ‘org.Mm.eg.db’, ‘preprocessCore’, ‘rhdf5’, ‘scPipe’, ‘scater’, ‘sva’, ‘topGO’, ‘tximport’, ‘updateR’, ‘zlibbioc’ が利用できません (for R version 3.5.0)
2:  install.packages(new, Ncpus = 6) で:
   一つもしくは複数のパッケージのインストールが失敗しました
       恐らく ‘WGCNA’

バージョンの確認

> version
               _
platform       x86_64-pc-linux-gnu
arch           x86_64
os             linux-gnu
system         x86_64, linux-gnu
status
major          3
minor          5.0
year           2018
month          04
day            23
svn rev        74626
language       R
version.string R version 3.5.0 (2018-04-23)
nickname       Joy in Playing

インストールされているライブラリの確認