ChIP-seqとは Chromatin Immuno Precipitaton の略。 抗原抗体反応を利用して、抗原タンパク質が結合しているクロマチン構造を免疫沈降させ、クロマチン内に含まれるDNAを濃縮する手法。 ヒストンや転写因子に対して、それらを認識する抗体を取ってくる。 ゲ…
以前、jupyter notebookでRのカーネルを使用する方法をご紹介した。 www.kimoton.com そこでは、R markdownのがイイヨ！みたいに終わらせた気がする。 しかし、Rmarkdownは確かにとっても便利な代物なのだが、毎回毎回全部のコードを実行しなければレポート…
以前紹介した（Seuratを駆使する会 ① - ばいばいバイオ） Seuratというsingle cell RNA-seq解析のパッケージの中に、JackStraw Plotというものがある。 single cell RNA-seq解析は、 細胞ごとに遺伝子発現パターンを見る。 その発現パターンでクラスタリング…
jupyter notebook で Rを使う。 IPython notebook から Jupyter notebookになった所以として、Python以外のカーネルに対応したからだという。 ただデフォルトではpythonしか使えないではないか。 ということで使えるようにしてみた。 Requirements Jupyter n…
細かいことは気にせず、 ipythonを使うべし。 IPython IPythonは、対話的コンピューティングと、並列コンピューティングを行うためのオープンソースプラットフォームです。 機能をご紹介しましょう。 補完機能 pythonインタプリタでTab補完機能を使うことが…
JDK10が出たらしいですね。 最近知りました。 alternativesを使えば、javaのバージョン管理が簡単にできちゃいます。 ダウンロードも簡単にできちゃいます。 いちいち面倒ですよね。wgetで落としたいですよね。 ここを参考にしました。ダウンロード先のリン…
メタゲノム解析で使うqiime2のDockerイメージをプルしたときのこと。 中身が気になってDockerfileを見に行った。 ところが、、 Dockerイメージがなかった。Docker hub上に、なかったのだ。 何言ってんの？ つまりこういうこと。 通常、Docker hubにあがって…
