R notebookチュートリアル

以前、jupyter notebookでRのカーネルを使用する方法をご紹介した。

www.kimoton.com

そこでは、R markdowhnのがイイヨ!みたいに終わらせた気がする。

しかし、Rmarkdownは確かにとっても便利な代物なのだが、毎回毎回全部のコードを実行しなければレポート出力まで行かなかいのだ。 もっとjupyter notebook的に使いたい。部品ごとに実行して実装していきたい!

そんな要望に応えたのがこちら!

Rmarkdown notebook!

必要なもの

Rstudio

はじめかた

File -> New File -> R Notebookからテンプレートを開くことができます。

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テンプレートは以下のようになってます。

f:id:kimoppy126:20180903085248p:plain

Rチャンクの追加

Insert > R で、Rチャンクを追加することができます。
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チャンクはRの他にもPython、Rcpp、SQL、Stanが使えます。
Jupyter notebookと同じ匂いがしますね。

Rチャンクの実行

Rmarkdownと同じです。Rチャンクは以下のように記述します。

f:id:kimoppy126:20180904084037p:plain Run -> Run Current Chunkでチャンクを実行することができます。

すると以下のようにチャンクの直下に実行結果が表示されます。

f:id:kimoppy126:20180904084329p:plain

インライン表記の実行

Rmarkdown同様に記述するため、以下のようなインライン表記も可能です。

`r 2 + 2`

Run -> Run Selected Line(s)で実行結果を確認することができます。
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以下のように実行結果が小さなウィンドウ内に表示されます。
ちなみにプロットの場合、RstudioのPlotsタブ内に出力されます。 f:id:kimoppy126:20180904083442p:plain

Preview

notebook形式で見たいときには、Preview -> Preview Notebookを選択します。 R markdown同様に、KnitしてHTMLやPDF、Wordに変換することも可能です。

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notebookが別ウィンドウで開きます。 f:id:kimoppy126:20180903084839p:plain

ショートカットキー

上で紹介した実行にはショートカットキーが存在します。
積極的に使っていきましょう。

  • Rチャンクの追加 Ctrl + Alt + I

  • Rチャンクの実行 Ctrl + Shift + Enter

  • インライン表記の実行 Ctrl + Enter

  • Preview Ctrl + Shift + K

.Rmdファイルの復元

nb.html形式は、右上のCode > Download Rmdから、Rmd形式のファイルがダウンロードできちゃいます。

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つまり、Rmdとnb.htmlを対応させて管理しておくことなく、ある程度完成したレポートに関してはnb.htmlだけ取っておけば良いのです。
編集したいときにRmd形式を生成、編集して再度nb.html形式に変換といった流れをとれば良いのです。

参考:

R Markdown: The Definitive Guide