今日はとあるコンペのご紹介を使用と思う。 その名も、Bioinformatics Contest 2019！ Online programming competition among individuals organized annually by Bioinformatics Institute in cooperation with ITMO University 毎年、Bioinformatics Insti…

SeuratはシングルセルRNA解析で頻繁に使用されるRのパッケージです。 Seuratを用いたscRNA解析について、CCAによるbatch effect除去などを含めた手法を丁寧に解説します。

QCとは バイオインフォマティクスの解析では、通常シーケンサから出力されたリードの配列データを入力データとします。 このデータから、様々な解析を行い、生物学的な意味合いを見出すのですが、 その前に、そのデータが本当に解析する価値のあるものなのか…

はじめに FASTX toolkitは、ショートリードのfastqファイルの前処理に使用されるコマンドラインツールの集合です。 低クオリティーのリードを除去したい場合や、クオリティーを基準に塩基をトリミングしたい際等に使用されます。 似たようなツールとしては、…

SingleCellExperimentクラス single cell RNA (scRNA-seq) 解析のためのS4 Classesです。 様々なscRNA-seq解析のパッケージで採用されており、scRNA-seq解析に有用なデータを保持しながら解析を進めることができます。 Bioconductor Bioconductor - SingleCe…

お疲れ様です。9月です。寒いです。 本日はバイオインフォマティクスの基礎の基礎。 FASTQファイルについて見ていきましょう。 ショートリードを生成するシーケンサーだと、だいだい <~200 bpの塩基配列を取得できます。 大抵の場合、シーケンサから出力され…

アライメント。 要するに配列を比較し、並べる操作を指します。 遺伝子の発現量を測定したいときなど、遺伝子解析においてはアライメントを必要とする場面が多々登場します。 配列の類似度を表す基準は複数あり、その計算方法も複数あるため、いろんなアライ…

NCBI Entrez は、30以上もの生物学的な目的で作成されたデータベースに対する統合的なテキストベースの検索、情報抽出システムです。 BiopythonパッケージのBio.Entrezモジュールを使えば、このシステムをpythonから手軽に使えちゃいます。 ちなみに、Bio.En…

ChIP-seqとは Chromatin Immuno Precipitaton の略。 抗原抗体反応を利用して、抗原タンパク質が結合しているクロマチン構造を免疫沈降させ、クロマチン内に含まれるDNAを濃縮する手法。 ヒストンや転写因子に対して、それらを認識する抗体を取ってくる。 ゲ…

SeuratはシングルセルRNA解析で頻繁に使用されるRのパッケージです。 Seuratを用いたscRNA解析について、CCAによるbatch effect除去などを含めた手法を丁寧に解説します。

SeqPrep github.com SeqPrepはPandaSeqとは違うアルゴリズムのoverlapをマージするツール。 https://github.com/jstjohn/SeqPrep TechSupport@illumina.comからイルミナにアダプター配列のリストをもらえたりするらしい。 アダプター配列は自分でリード見て…

https://github.com/OpenGene/fastp fastp A tool designed to provide fast all-in-one preprocessing for FastQ files. This tool is developed in C++ with multithreading supported to afford high performance. Fastqファイルの前処理全てが素早く実行…

きっかけ paired-endのサンプルのoverlapを取り除く方法を検討してたらいろいろ整理されてる記事に巡り合えたので和訳しつつ理解を深める single-end, paired-end fastqファイルには、シーケンシングのされ方で2種類ある。UCSCなんかからfastqをダウンロード…