single-cell RNA

Scanpyを使ったscRNA解析

GW始まってしまいましたね。 ブログの更新をだいぶ怠っていたので、ちゃっかり更新させて頂きます。 今日はPythonでscRNA-seq解析。Python実装のscRNA解析ツールといえばScanpyがまず思いつきます。 Seuratに比べてそこまで使われていない印象ですが、機能的…

Seurat v3.0って何がすごいのか

まだプレリリース版のSeruat v3.0ですが、 10Xのサイトで以下のように言及されたことにより、こちらを使用する人が増えている気がします。 Seurat 3.0 is specifically designed to handle the type of multi-data experiments enabled by Feature Barcoding…

Single-cell RNA sequencing 技術に関するreview

論文要約シリーズ第1弾! 論文じゃなかったレビューだった。 Single-cell RNA sequencing technologies and bioinformatics pipelines Experimental & Molecular Medicinevolume 50, Article number: 96 概要 Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) は、が…

Seurat を駆使する会②

SeuratはシングルセルRNA解析で頻繁に使用されるRのパッケージです。 Seuratを用いたscRNA解析について、CCAによるbatch effect除去などを含めた手法を丁寧に解説します。

Seuratを駆使する会 ①

SeuratはシングルセルRNA解析で頻繁に使用されるRのパッケージです。 Seuratを用いたscRNA解析について、CCAによるbatch effect除去などを含めた手法を丁寧に解説します。