なんかただのエンジニアみたいなブログになってきたため、たまには生物学的なお話を。 遺伝子突然変異とは 呼んで字の如く、遺伝子上の塩基配列が変化することを指す。 生物学をあまり知らない人からは、単に遺伝子変異と呼ばれやすいかもしれない。 核・ミ…

また関係のないことに手を伸ばしてしまう。。 japan.techrepublic.com 「C」言語のスピードと「Python」の使いやすさ、「Ruby」の動的型付け、「MatLab」の強力な数学的能力、「R」言語の優れた統計機能の融合を目指した 謳い文句がかっこいい。。 インスト…

CentOS7に TeX Live 2016 をインストール TeX Liveとは TeX Live は TeX のディストリビューションです． TeX の超巨大な集大成ともいえるもので，現在では国際的に最も普及している最新の TeX ディストリビューションです． TeX Live - TeX Wiki 超巨大な集…

お疲れ様です。9月です。寒いです。 本日はバイオインフォマティクスの基礎の基礎。 FASTQファイルについて見ていきましょう。 ショートリードを生成するシーケンサーだと、だいだい <~200 bpの塩基配列を取得できます。 大抵の場合、シーケンサから出力され…

アライメント。 要するに配列を比較し、並べる操作を指します。 遺伝子の発現量を測定したいときなど、遺伝子解析においてはアライメントを必要とする場面が多々登場します。 配列の類似度を表す基準は複数あり、その計算方法も複数あるため、いろんなアライ…

NCBI Entrez は、30以上もの生物学的な目的で作成されたデータベースに対する統合的なテキストベースの検索、情報抽出システムです。 BiopythonパッケージのBio.Entrezモジュールを使えば、このシステムをpythonから手軽に使えちゃいます。 ちなみに、Bio.En…

WindowでもLinuxのpsコマンドみたいにメモリを監視したい。 以下を参考にした。 takigawa401.hatenablog.com chkmmr.batというバッチファイルを作成する。 @echo off :label01 echo %date% %time% tasklist /fi "imagename eq python.exe" ping localhost -n…