最近バイオインフォマティクスを学びたいという方によく巡り合う気がします。
私kimoton、バイオインフォマティクスと名の付く書籍は多数読み漁ってまいりました。そんな経験を活かし、今回は無料かつオンライン上で利用できるコンテンツに絞ってご紹介させて頂きます。
書籍・Youtubeチャンネル・競プロ編として7つほど!
書籍編
Bioinformatics Algorithms
生物学とコンピュータサイエンスのどちらかを学んでいれば難なく読めるような難易度設定となっています。
厳密な数学と実践的な技術のユニークなバランスをとっています。
歴史的な背景にも触れられており、入門だけど深く学びたいあなたにおすすめです。
www.bioinformaticsalgorithms.org
Computational Genomics with R
お馴染みRで学ぶゲノミクス本になります。
多くの解析(DNA-seq、RNA-seq、Chip-seqなど)をRで扱う事例が紹介されており、広く手を動かしながら学びたいあなたにピッタリです。
一つ一つのコンテンツに関して説明を端折っている部分があるため、少し学び始めてからの方が良いかもしれません。
「ゼロから」と名乗っている勉強会でこの教材を扱ったのは私のミスです(スミマセン…)。
次回も明日公開するので是非!
(2020/11/02 追記) 公開しました! bioalgorithms.connpass.com
An Introduction to Applied Bioinformatics
北アリゾナ大学のCaporasoラボのGreg Caporaso氏によって製作されています。
インタラクティブなnotebook形式で提供されているかつBinderというツールを使用してブラウザ上でnotebook実行環境を使用できるため、ソフトウェアをインストールすることなくバイオインフォマティクスを学ぶことができます。
An Introduction to Applied Bioinformatics
MOOC編
Open Source Society University (Bioinformatics)
Open Source Society University、素晴らしい言葉ですね。
OSSだけで大学卒業と同等の知識を習得しようと試みるあなたはこちらを参考にするとよさそうです。
MOOCを活用して無料でバイオインフォマティクスを学ぶための最適なロードマップとなっています。4年間のカリキュラムとなっているので、挑む際は相応の覚悟が必要です(自分も何度も挫折しかけています…)。
このコースを完遂した際には恐らく十分すぎるほどのスキルが身につくこと間違いなしです。時間に余裕がある方に!
因みに、Computer Science のコースもあります。こちらの方が人気で悔しい。
Bioinformatics Courses (edX)
OSSUの中ではedXのコースが使用されています。
edXのバイオインフォマティクス関連の教材です。
カリフォルニア大学やMIT、トロント大学といった有名大学の授業が無料で受けられます。
この辺りから始めるのがおすすめデス。
Bioinformatics Courses (Coursela)
OSSUの中ではCourselaのコースも使用されています。
Courselaのバイオインフォマティクス関連の教材です。
カリフォルニア大学やMIT、トロント大学、ジョンズホプキンス大学
といった有名大学の授業が無料で受けられます。
この辺りが良さそうです(自分は未だ受けてません)。
YouTube編
OMGenomics
GoogleHealthのゲノミクスチームに所属するMaria Nattestad氏によるコンテンツです。
有料のコンテンツの他、Youtube上で多数の有用な動画を公開しています。
rebelCoder
バイオインフォマティクス系YouTuber第二弾。 この方の詳細は存じ上げないのですがエンジニアを本職とする方のようです。
初中級者のプログラマ、生物学・生物化学を学んだ方向けの内容となっており、基礎的なPythonのスキルを習得していることを前提とした上で、Pythonを使ったバイオインフォマティクス関連のテーマを扱っています。
環境構築等基本的な部分から動画で紹介しており、バイオインフォマティクスへの第一歩にオススメのチャンネルです。
競プロ編
Rosalind
Rosalindは、問題解決を通じてバイオインフォマティクスとプログラミングを学習するためのプラットフォームです。競技プログラミングのような形態で、実践ベースでスキルを身に着けていくことができます。
Python、生物関連の知識、アルゴリズム等課題を解き進めながら体系的に学ぶことができます。