生存時間解析とは 生存時間解析とは、明確な地点から特定のイベントもしくはエンドポイントまでの時系列データ（Time to event型のデータ）に対する解析を示す用語です。 応答変数に関しては文字通りの生存時間のみならず、心理学実験における課題完了までの…

ご無沙汰しております。kimotonです。 最近、前の会社の先輩と「ゼロから始めるゲノム解析」という勉強会を始めました。 bioalgorithms.connpass.com なんとなくツイートしたこのツイートがプチバズったことがきっかけです。 Rでバイオインフォの勉強したい…

NCBI Entrezは、30以上もの生物学的な目的で作成されたデータベースに対する統合的なテキストベースの検索、情報抽出システムです。 このシステムは、国立バイオテクノロジー情報センター（NCBI）によって作成されています。 APIはE-utilitiesと呼ばれ、これ…

最近は専ら最尤推定と格闘しています。最尤推定において、必要なのが尤度関数の最大化。 なんとなく収束する手法を選択して目をを向けてきたものの、そろそろちゃんと理解する必要性を感じたため第一弾として、Nelder-Mead法を理解していこうと思います。 因…

最近はブロックチェーンと秘密計算技術が気になります。あれはゲノム医療の実現に向けてとても有用なのではないですか。まだ勉強途中なので何とも言えないですが、とても魅力的な技術であることは間違いなさそうです。 今回は来たるWGS時代に向けた変異解析…

VCFという形式は色々と問題を抱えており、その代替案はこれまでも幾度となく考案されてきました。 その1つであり注目を浴びているspVCF（Sparse Project VCF）というフォーマットに関する論文に関しての論文を読んだ際のメモを投下します。 www.biorxiv.org …

SAM/BAMといえばアライメントデータを格納するためのフォーマットとして一般的に使用されていますが、そもそもこのフォーマットはどういう経緯で生まれたのでしょう。 開発者であるHeng Li氏のブログにてその話があったため、読んでみました。サクッと読めま…