出会い 次世代シーケンサーのアセンブル結果を示す指標として、N50というものがあることを、つい最近知った。まずい。 以下のように使われる。 PacBio（RSII）にBioNano社が開発したIrys（DNA上の特定の配列に蛍光標識をしてスキャナーで蛍光を読み取る）に…

__pycache__ というディレクトリがそろそろ気になってきた。 なんか気づいたらできてる。 なんなんだこれは。 以下で議論されていた。 python - What is __pycache__? - Stack Overflow 要点をまとめると。 ファイルをインポートした際にできる python compi…

Rのパッケージを入れる際、依存関係の問題でエラーが起きるせいでpipやinstall.packages()を用いてインストールできないことが多々ある。 CRANに登録されているRパッケージをインストールするには、以下のように明示的に示すと良い。 $ R > install.packages…

SeqPrep github.com SeqPrepはPandaSeqとは違うアルゴリズムのoverlapをマージするツール。 https://github.com/jstjohn/SeqPrep TechSupport@illumina.comからイルミナにアダプター配列のリストをもらえたりするらしい。 アダプター配列は自分でリード見て…

https://github.com/OpenGene/fastp fastp A tool designed to provide fast all-in-one preprocessing for FastQ files. This tool is developed in C++ with multithreading supported to afford high performance. Fastqファイルの前処理全てが素早く実行…

reshape2 ggplot2はRでプロットする際に頻繁に用いられる。 しかし、Excelのデータをcsvにしてそのまま読み込んでggplot2に渡したところで、データの形を勝手に判断してくれるわけがない。ggplotはわがままなので、データの整形という処理が必要だ。 いって…

前の記事で紹介したtoolの1つ。pandaseq を使ってみる。 github.com インストールは簡単。 まず git clone https://github.com/neufeld/pandaseq.git 中に入って sudo apt-get install build-essential libtool automake zlib1g-dev libbz2-dev pkg-config .…

きっかけ paired-endのサンプルのoverlapを取り除く方法を検討してたらいろいろ整理されてる記事に巡り合えたので和訳しつつ理解を深める single-end, paired-end fastqファイルには、シーケンシングのされ方で2種類ある。UCSCなんかからfastqをダウンロード…

Rsamtools を使った判定法 > packageVersion("Rsamtools") [1] ‘1.20.5’ library(Rsamtools) # ファイルのPATHを指定 fl <- system.file("extdata", "ex1.bam", package="Rsamtools") > quickBamFlagSummary(fl) group | nb of | nb of | mean / max of | re…

グラフを並べて表示したいとき、 2つの方法がある。ほかにもあるかもだけど2つの方法を知っている。 matplotlib.pyplot.subplotsを使う fig, axes = plt.subplots(figsize=(10, 10), nrows=2, ncols=4, subplot_kw={'adjustable': 'box-forced'}) axes には …

ssh 接続にはパスワード認証方式と、公開鍵認証の二通りの接続方法がある。 公開鍵認証 vagrantでは、ゲストOSの初回起動時にホストOS側の鍵情報を自動で変更し、ゲストOSと暗号の再調整を行っている。 vagrant ssh は vagrant ssh-config で置換後に使う秘…

今友達からbed365 というサイのスクレイピングを任されている。ブックメーカーで有名なサイトだ。ここのデータを集めて解析したいらしい。 スクレイピングでは基本ChromeDriverを使って行っているのだが、久しぶりに動かしたら、以下のようなエラーが度々表…

2.4 Workflow using git branch git stash commitしていない変更の一時退避 git stash pop 変更を戻す 2.5 High reproductivce, interactive computing ファイルの命名規則、ディレクトリ構造を一貫性のあるものにする。 全てのソフトウェアスタックの正確な…

1.1 Introduction %%writefile IPython magicコマンド。テキストファイルの作製。 インラインの数式は$...$ を使って記述。 独立した数式は $$...$$ を使って記述。 HTML() 、SVG() 、YouTubeVideo() nbviewerを使ってIPythonで生成したJSONテキストを公開可…

修士をとるか、就職か 修士に行くか、就職してしまうか。 修士に行く場合、今の研究をあと二年続ける。 就職する場合、今のインターン先に就職する。二年もあれば、多分転職する。 理系なら誰しも少しは考えるだろう。本来院試前に考えることだ。 院試を受け…

30分前に気づいた。今日はもう30分しかないということを。 毎日更新するんだ。今度こそ。 最近はOreillyの本をひたすら読み進めている。 いまは下記の2冊をソースコードとともに楽しんでいる。 Pythonによるデータ分析入門 ―NumPy、pandasを使ったデータ処理…

恥ずかしい。 なにが恥ずかしいかって、Twitterをいまさら始めたことじゃない。 これはアカウントを分けただけで、今Twitterを始めたわけじゃない。 過去の記事が恥ずかしい。 だいぶ消した。大幅に消した。 心機一転、 new kimoton で頑張ろう。年も明けた…